Não é o primeiro, nem será o último filme ser criticado pelo Vaticano. «Prometheus» foi acusado pelo L’Osservatore Romano, jornal do Vaticano, por «não saber abordar da melhor maneira a eterna batalha entre o bem e o mal numa nova tentativa de encontrar o segredo da imortalidade.» Em vez disso, «a jornada do “Prometheus” devia simbolizar a busca do sobrenatural», aludindo à mitologia grega que diz que o homem foi criado a partir da argila (supostamente, o Titã Prometeu apanhou um bocado de argila e molhou com um pouco de água de um rio. Com essa matéria fez o homem, à semelhança dos deuses, para que fosse o senhor da Terra).
De qualquer das maneiras, estas criticas/apontamentos foram bastante suaves comparativamente aos executados a outros filmes que apresentam visões pouco cristãs, como «Avatar» de James Cameron e especialmente «O Código de Da Vinci», o filme que mais tensão criou junto da igreja católica.